酶是高分子量的含氮有机催化剂，由活细胞生成而不能被合成。只能从生物系统得到它们。纯净的酶，全部含有大量的蛋白质。用作喷雾干燥的酶原料，常由沉淀法生成。酶对热很敏感，宜用温和的干燥温度。在料液中，加入无机盐类作为保护性的稀释剂，以减轻热的破坏。喷雾干燥的酶由淀粉酶、蛋白酶、葡萄软化酶、果胶酶、凝乳酶、乳糖酶、糊精酶、脂肪酶、胃蛋白酶和胰蛋白酶。

喷雾干燥的酶可分为两大类：第一类是大量生产的工业酶，第二类是易分解的酶。对于许多工业用酶，可直接加入无机盐类后，进行喷雾干燥操作，这就能够采用标准干燥室设计。对于非常热敏性的酶，可加入含有结晶水的盐来防止活性损失。